Aan de slagGa gratis aan de slag

De groeisnelheid bepalen

Om de groeisnelheid te berekenen, kun je een lineaire regressie doen van de logaritme van het totale bacteriële oppervlak tegen de tijd. Bereken de groeisnelheid en bepaal een 95%-betrouwbaarheidsinterval met pairs bootstrap. De tijdstippen, in uren, staan in de numpy-array t en het bacteriële oppervlak, in vierkante micrometer, staat in bac_area.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Casestudies in statistisch denken

Cursus bekijken

Oefeninstructies

  • Bereken de logaritme van het bacteriële oppervlak (bac_area) met np.log() en sla het resultaat op in de variabele log_bac_area.
  • Bereken de helling en de intercept van de semilog-groeicurve met np.polyfit(). Sla de helling op in de variabele growth_rate en de intercept in log_a0.
  • Trek 10.000 pairs bootstrap-replicaties van de groeisnelheid en de log van het initiële oppervlak met dcst.draw_bs_pairs_linreg(). Sla de resultaten op in growth_rate_bs_reps en log_a0_bs_reps.
  • Gebruik np.percentile() om het 95%-betrouwbaarheidsinterval van de groeisnelheid (growth_rate_bs_reps) te berekenen.
  • Print de groeisnelheid en het betrouwbaarheidsinterval naar het scherm. Dit is al voor je gedaan, dus klik op "Antwoord verzenden" om de resultaten te bekijken!

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Compute logarithm of the bacterial area: log_bac_area
log_bac_area = ____

# Compute the slope and intercept: growth_rate, log_a0
____, ____ = ____

# Draw 10,000 pairs bootstrap replicates: growth_rate_bs_reps, log_a0_bs_reps
____, ____ = ____(
    ____, ____, size=____
)
    
# Compute confidence intervals: growth_rate_conf_int
growth_rate_conf_int = ____

# Print the result to the screen
print("""
Growth rate: {0:.4f} 1/hour
95% conf int: [{1:.4f}, {2:.4f}] 1/hour
""".format(growth_rate, *growth_rate_conf_int))
Code bewerken en uitvoeren