Normalizace počtů pomocí DESeq2

Objekt DESeq2 máme vytvořený a teď chceme provést kontrolu kvality našich vzorků. K tomu potřebujeme vygenerovat normalizované počty (normalizované podle velikosti knihovny, což je celkový počet genových počtů na vzorek, s ohledem na složení knihovny). Pro získání normalizovaných počtů využij objekt DESeq2 a vytvoř matici normalizovaných počtů.

Toto cvičení je součástí kurzu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Odhadni size factors pro data počtů smoc2 pomocí funkce estimateSizeFactors() a výsledek ulož zpět do objektu dds_smoc2
Extrahuj normalizované hodnoty počtů z dds_smoc2 a ulož je jako smoc2_normalized_counts pomocí funkce counts().

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Upravit a spustit kód