Vytvoření objektu pro DE analýzu
POZNÁMKA: Načtení tohoto cvičení může chvíli trvat.
Pomocí vzorků s overexpresí smoc2 vytvoř objekt DESeq2 tak, aby návrhový vzorec specifikoval porovnání rozdílů v expresi mezi vzorky s fibrózou a normálními vzorky. Metadata experimentu jsou zobrazena níže. Data jsou načtena tak, že vzorky jsou ve stejném pořadí pro surové počty smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, i pro metadata, smoc2_metadata.
Toto cvičení je součástí kurzu
RNA-Seq s Bioconductorem v R
Pokyny k cvičení
Vytvoř objekt DESeq2 s názvem
dds_smoc2pomocí funkceDESeqDataSetFromMatrix()a zadej argumenty:countData,colDataadesign.Spusť funkci
DESeq(), která odhadne faktory velikosti, vypočítá disperze a provede fitting modelu a testování.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)