RNA-Seq DE analýza – plánování experimentu

Základem úspěšné diferenciální expresní analýzy RNA-Seq je dobré plánování experimentu. Abychom se vyvarovali dávkových efektů (batch effects) a oddělili známé zdroje variability mezi skupinami vzorků, vybereme nejlepší způsob rozdělení vzorků do dávek pro náš plánovaný RNA-Seq experiment.

Naše metadata obsahují informace o vzorcích, včetně:

sample: název vzorku
treatment: A nebo B
sex: M nebo F
replicate: 1, 2, 3, 4

Kvůli zdlouhavému procesu extrakce tkáně lze izolovat RNA pouze ze 4 vzorků najednou a máme 4 biologické replikáty na skupinu. Která z následujících možností představuje nejlepší způsob rozdělení vzorků do dávek při RNA Isolation, aby se předešlo dávkovým efektům:

Možnost A:

choice1

Možnost B:

choice2

Možnost C:

choice3

Možnost D:

choice4

Toto cvičení je součástí kurzu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Zobrazit kurz

Interaktivní praktické cvičení

Proměňte teorii v praxi s jedním z našich interaktivních cvičení

Začít cvičení