Prozkoumání výsledků DESeq2

POZNÁMKA: Načítání tohoto cvičení může chvíli trvat.

Abychom snížili počet DE genů, které získáme, a zvýšili pravděpodobnost jejich biologické relevance, použijeme pro určení DE genů malý práh log2 fold change.

Toto cvičení je součástí kurzu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Extrahuj výsledky pro smoc2 pomocí funkce results(), podobně jako dříve, s hodnotou alpha 0,05 a s normal jako základní úrovní proměnné condition. Tentokrát ale použij práh log2 fold change 0,32. Předpokládej, že všechny předchozí kroky byly provedeny, včetně vytvoření objektu DESeq2 dds_smoc2 a spuštění funkce DESeq().
Proveď smrštění (shrinkage) hodnot log2 fold change pomocí funkce lfcShrink().

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Upravit a spustit kód