Model DESeq2 – extrakce výsledků

POZNÁMKA: Načtení tohoto cvičení může chvíli trvat.

Po prozkoumání dispersí a ověření, že data dobře odpovídají modelu DESeq2, přistoupíme k extrakci výsledků.

Předpokládej, že všechny předchozí kroky již byly provedeny – včetně vytvoření objektu DESeq2, dds_smoc2, a spuštění funkce DESeq().

Toto cvičení je součástí kurzu

RNA-Seq s Bioconductorem v R

Pomocí funkce results() definuj kontrast pro porovnání s hodnotou alfa 0.05. Pro sledovanou podmínku condition získej výsledky pro skupinu vzorků fibrosis v porovnání se skupinou normal, přičemž skupina normal bude základní úrovní (base level).

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)