分割心臟
在本章中,我們將使用來自 Sunnybrook Cardiac Dataset 的磁振造影(MR)影像資料。完整影像是一組涵蓋單一次心跳的 3D 時間序列。放射科醫師會用這些資料來量測「射血分率(ejection fraction)」:也就是每次心搏時,左心室射出的血液比例。
先從體積(im)中的單一切片分割出左心室開始。你會先對影像進行濾波與遮罩,接著用 ndi.label() 為每個物件加上標籤。
本章練習會使用以下匯入:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
本練習屬於課程
Python 的生醫影像分析
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)