Permutation test: wild type กับ heterozygote

ทดสอบสมมติฐานที่ว่าความยาว bout ของ heterozygote และ wild type มีการกระจายที่เหมือนกัน โดยใช้ permutation test

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

กรณีศึกษาด้านการคิดเชิงสถิติ

คำแนะนำการฝึกหัด

คำนวณผลต่างของค่าเฉลี่ย (ความยาว bout ของ heterozygote ลบด้วย wild type) จากชุดข้อมูลจริง แล้วเก็บผลลัพธ์ไว้ในตัวแปร diff_means_exp โดยอาร์เรย์ numpy ชื่อ bout_lengths_wt และ bout_lengths_het ถูกโหลดไว้ใน namespace แล้ว
สุ่ม permutation replicates ของผลต่างค่าเฉลี่ยจำนวน 10,000 ครั้ง โดยใช้ dcst.draw_perm_reps() และใช้ฟังก์ชัน dcst.diff_of_means() ด้วย แล้วเก็บผลลัพธ์ไว้ในตัวแปร perm_reps
คำนวณ p-value โดยนิยาม "extreme อย่างน้อยเท่ากับที่สังเกตได้" ว่าหมายถึงผลต่างของค่าเฉลี่ยภายใต้สมมติฐานหลักมีค่ามากกว่าหรือเท่ากับค่าที่ได้จากการทดลองจริง
แสดง p-value ออกทางหน้าจอ

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Compute the difference of means: diff_means_exp
diff_means_exp = ____ - ____

# Draw permutation replicates: perm_reps
perm_reps = ____(____, ____, 
                               ____, size=____)

# Compute the p-value: p-val
p_val = ____(____ >= ____) / len(____)

# Print the result
print('p =', p_val)

แก้ไขและรันโค้ด