Konstruktion av NHANES-datamängden
NHANES-datamängderna, hämtade från NHANES webbplats, finns endast som separata .XPT-filer – ett filformat som är inbyggt i SAS. Lyckligtvis finns paketet haven.
Låt oss kombinera NHANES-datamängderna för demografi, medicinska tillstånd och kroppsmått, som är tillgängliga i sitt råa .XPT-format via variablerna DEMO_file, MCQ_file och BMX_file. Sammanfoga alla 3 datamängder med variabeln SEQN. Ett bra sätt att göra detta är att använda Reduce(), som låter dig kombinera element på ett smidigt sätt.
Sammanfogningskoden, som redan är tillhandahållen, gör följande:
- Skapar en lista med alla 3 datamängder (
nhanes_demo,nhanes_medical,nhanes_bodymeasures). - Använder en anpassad funktion inuti
Reduce()för att göra en inner join av alla 3 datamängder med variabeln"SEQN". - Sparar resultatet som datamängden
nhanes_combined.
Den här övningen är en del av kursen
Experimentell design i R
Övningsinstruktioner
- Ladda paketet
haven. - Importera de tre datafilerna med separata anrop till
read_xpt(), där argumenten till dessa 3 anrop ärDEMO_file,MCQ_fileochBMX_file, och spara resultaten som datamängdernanhanes_demo,nhanes_medicalrespektivenhanes_bodymeasures. - Skapa
nhanes_combinedgenom att sammanfoga de 3 datamängder du just importerat med hjälp av den tillhandahållna koden.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load haven
___
# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)