Segmentera hjärtat
I det här kapitlet arbetar vi med magnetresonans (MR)-bilddata från Sunnybrook Cardiac Dataset. Den fullständiga bilden är en 3D-tidsserie som täcker ett enskilt hjärtslag. Dessa data används av radiologer för att mäta ejektionsfraktionen: den andel blod som pumpas ut från vänster kammare vid varje slag.
Börja med att segmentera vänster kammare från ett enskilt snitt av volymen (im). Filtrera och maskera bilden först, och märk sedan varje objekt med ndi.label().
Kapitlets övningar använder följande importer:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Den här övningen är en del av kursen
Biomedicinsk bildanalys i Python
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)