Translationer
I det här kapitlet använder vi data från Open Access Series of Imaging Studies för att jämföra hjärnor från olika populationer: unga och gamla, män och kvinnor, friska och sjuka.
Börja med att centrera ett enskilt snitt av en 3D-hjärnvolym (im). Hitta först mittpunkten i bildmatrisen och hjärnans masscentrum. Translatera sedan bilden till mitten.
Alla övningar i det här kapitlet använder följande importer:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Den här övningen är en del av kursen
Biomedicinsk bildanalys i Python
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Find image center of mass
com = ____
# Calculate amount of shift needed
d0 = 128 - _____
d1 = ____
# Translate the brain towards the center
xfm = ndi.shift(____, shift=____)