Beräkna avstånd
En distanstransformation beräknar avståndet från varje pixel till en given punkt, vanligtvis närmaste bakgrundspixel. Det låter dig avgöra vilka punkter i objektet som befinner sig längre in i mitten och vilka som ligger nära kanterna.
Använd i den här övningen euklidisk distans-transformationen på vänster kammare-objektet i labels.
Den här övningen är en del av kursen
Biomedicinsk bildanalys i Python
Övningsinstruktioner
- Skapa en mask av vänster kammare-pixlar (värdet 1 i
labels). - Beräkna avståndet till bakgrunden för varje pixel med
ndi.distance_transform_edt(). Ange pixeldimensioner i argumentetsampling. - Skriv ut det maximala avståndet och dess koordinater med hjälp av
ndi.maximumochndi.maximum_position. - Lägg ett snitt av distanskartan som ett lager ovanpå originalbilden. Det är redan gjort åt dig.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Calculate left ventricle distances
lv = np.where(____, 1, 0)
dists = ____
# Report on distances
print('Max distance (mm):', ____)
print('Max location:', ____)
# Plot overlay of distances
overlay = np.where(dists[5] > 0, dists[5], np.nan)
plt.imshow(overlay, cmap='hot')
format_and_render_plot()