Verklaarde variantie

Het tweede veelgebruikte type plot om PCA-modellen te begrijpen is een scree-plot. Een scree-plot laat de verklaarde variantie zien naarmate het aantal hoofdcomponenten toeneemt. Soms wordt ook de cumulatieve verklaarde variantie geplot.

In deze en de volgende oefening bereid je gegevens uit het pr.out-model dat je aan het begin van het hoofdstuk hebt gemaakt, voor om te gebruiken in een scree-plot. Het voorbereiden van de gegevens voor het plotten is nodig omdat er in R geen ingebouwde functie is om dit type plot te maken.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Unsupervised learning in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

pr.out en de pokemon-gegevens zijn nog beschikbaar in je werkruimte.

Ken aan de variabele pr.var het kwadraat toe van de standaarddeviaties van de hoofdcomponenten (dus de variantie). De standaarddeviatie van de hoofdcomponenten is beschikbaar in de sdev-component van het PCA-modelobject.
Ken aan de variabele pve het aandeel van de verklaarde variantie toe, berekend door pr.var te delen door de totale variantie die door alle hoofdcomponenten wordt verklaard.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Variability of each principal component: pr.var
pr.var <- ___

# Variance explained by each principal component: pve
pve <- ___ / ___

Code bewerken en uitvoeren