De structuur van .mat in Python

Hier ontdek je wat er in de MATLAB- dictionary zit die je in de vorige oefening hebt geladen.

Het bestand 'albeck_gene_expression.mat' is al geladen in de variabele mat. De volgende libraries zijn al geïmporteerd als volgt:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Ook dit bestand bevat genexpressiegegevens van het Albeck Lab aan UCDavis.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Introductie tot data importeren in Python

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Gebruik de methode .keys() op de dictionary mat om de keys af te drukken. De meeste van deze keys (eigenlijk degene die NIET beginnen en eindigen met '__') zijn variabelen uit de bijbehorende MATLAB-omgeving.
Print het type van de waarde die hoort bij de key 'CYratioCyt' in mat. Denk eraan dat je met mat['CYratioCyt'] de waarde benadert.
Print de vorm (shape) van de waarde die hoort bij de key 'CYratioCyt' met de numpy-functie shape().
Voer het hele script uit om oscillatoire genexpressiegegevens te zien!

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Code bewerken en uitvoeren