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연습 문제

DESeq2로 카운트 정규화하기

DESeq2 객체를 생성했으니 이제 샘플의 품질 관리를 진행하려고 합니다. 이를 위해 정규화된 카운트가 필요합니다(각 샘플의 총 유전자 카운트인 라이브러리 크기에 대해 정규화하고, 라이브러리 구성도 반영합니다). 정규화된 카운트를 얻으려면 DESeq2 객체를 사용해 정규화된 카운트 행렬을 생성하세요.

지침

100 XP

  • estimateSizeFactors() 함수를 사용해 smoc2 카운트 데이터의 사이즈 팩터를 추정하고, 결과를 dds_smoc2 객체에 다시 저장하세요.

  • dds_smoc2에서 정규화된 카운트 값을 counts() 함수로 추출하여 smoc2_normalized_counts로 저장하세요.