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연습 문제

DESeq2 시각화 - MA 플롯과 볼케이노 플롯

NOTE: 이 연습 문제는 로딩에 시간이 조금 더 걸릴 수 있어요.

결과를 살펴볼 때는 시각화가 전체적인 데이터의 양상과 유의한 유전자의 특성을 파악하는 데 도움이 돼요. 보통 평균 값 전 범위에서 유의한 유전자가 발견되기를 기대하며, 이를 MA 플롯으로 확인할 수 있어요. 만약 평균 값이 높은 경우에만 유의한 유전자가 보인다면, 데이터에 문제가 있을 수 있음을 시사해요. 볼케이노 플롯은 유의미성을 판별하는 데 필요한 폴드 변화의 범위를 가늠하는 데 도움을 줘요.

이제 MA 플롯과 볼케이노 플롯을 사용해 결과를 탐색해 보겠습니다.

지침

100 XP

  • plotMA() 함수를 사용하고 결과 객체 smoc2_res를 입력으로 하여 MA 플롯을 만드세요.

  • mutate() 함수를 사용해, 결과에서 padj 값이 0.05보다 작은지 여부를 나타내는 논리형 벡터의 새 열을 추가하세요.

  • ggplot()을 사용해 log2 폴드 변화 값과 -log10 보정 p-값의 관계를 볼케이노 플롯으로 그리고, 유의한지 여부에 따라 유전자 점의 색을 다르게 지정하세요.