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Exercise

DE 객체 생성하기

참고: 이 연습 문제는 로딩에 다소 시간이 걸릴 수 있어요.

smoc2 과발현 샘플을 사용해, 섬유증(fibrosis) 샘플과 정상 샘플 간의 발현 차이를 비교하도록 설계식이 지정된 DESeq2 객체를 만들어 보세요. 실험의 메타데이터는 아래에 표시되어 있습니다. smoc2 원시 카운트(reordered_smoc2_rawcounts)와 메타데이터(smoc2_metadata)는 샘플 순서가 동일하게 맞춰져 있습니다.

smoc2 metadata

Instructions

100 XP

  • DESeqDataSetFromMatrix() 함수에서 countData, colData, design 인자를 지정해 DESeq2 객체 dds_smoc2를 생성하세요.

  • DESeq() 함수를 실행해 size factor를 추정하고, dispersion을 계산한 뒤, 모형 적합과 검정을 수행하세요.