Construction du jeu de données NHANES
Tels que téléchargés à partir du site Web de NHANES, les jeux de données NHANES sont offerts uniquement sous forme de fichiers .XPT, un format natif de SAS. Heureusement pour nous, le paquet haven existe.
Combinons les jeux de données NHANES sur la démographie, les affections médicales et les mesures corporelles, disponibles dans leur format .XPT brut et accessibles par les variables DEMO_file, MCQ_file et BMX_file. Joignez les 3 jeux de données à l'aide de la variable SEQN. Une bonne façon de procéder est d'utiliser Reduce(), qui permet de combiner des éléments de manière pratique.
Le code de jointure fourni effectue les opérations suivantes :
- Crée une liste des 3 jeux de données (
nhanes_demo,nhanes_medical,nhanes_bodymeasures). - Utilise une fonction personnalisée à l'intérieur de
Reduce()pour faire une jointure interne des 3 jeux de données avec la variable"SEQN". - Enregistre le tout dans le jeu de données
nhanes_combined.
Cette activité fait partie du cours
Plan d'expériences avec R
Instructions de l’exercice
- Chargez le paquet
haven. - Importez les trois fichiers de données avec des appels distincts à
read_xpt(). Les entrées de ces 3 appels àread_xpt()sontDEMO_file,MCQ_fileetBMX_file, et enregistrez-les respectivement sous forme de jeux de donnéesnhanes_demo,nhanes_medicaletnhanes_bodymeasures. - Créez
nhanes_combineden fusionnant les 3 jeux de données que vous venez d'importer, à l'aide du code fourni.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load haven
___
# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)