1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích ảnh Y sinh học bằng Python
Connected

Bài tập

Phân đoạn tim

Trong chương này, chúng ta sẽ làm việc với dữ liệu ảnh cộng hưởng từ (MR) từ Sunnybrook Cardiac Dataset. Toàn bộ ảnh là một chuỗi thời gian 3D bao trùm một nhịp tim. Các dữ liệu này được bác sĩ chẩn đoán hình ảnh dùng để đo ejection fraction (phân suất tống máu): tỷ lệ máu được tống ra khỏi tâm thất trái trong mỗi nhịp co.

Bắt đầu bằng cách phân đoạn tâm thất trái từ một lát cắt của thể tích (im). Trước tiên, bạn sẽ lọc và tạo mặt nạ cho ảnh; sau đó bạn sẽ gán nhãn từng đối tượng bằng ndi.label().

Các bài tập trong chương này đã nhập sẵn các thư viện sau:

import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt

Hướng dẫn 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Áp dụng bộ lọc trung vị cho im. Đặt size là 3.
  • Tạo một mặt nạ với các giá trị lớn hơn 60, sau đó dùng ndi.binary_closing() để lấp các lỗ nhỏ trong đó.
  • Trích xuất mảng gán nhãn và số lượng nhãn bằng ndi.label().