การสร้างชุดข้อมูล NHANES
ชุดข้อมูล NHANES ที่ดาวน์โหลดจากเว็บไซต์ NHANES มีให้เฉพาะในรูปแบบไฟล์ .XPT แยกกัน ซึ่งเป็นรูปแบบเฉพาะของ SAS โชคดีที่มีแพ็กเกจ haven ให้ใช้งาน
มารวมชุดข้อมูล Demographics, Medical Conditions และ Body Measures ของ NHANES เข้าด้วยกัน ชุดข้อมูลเหล่านี้อยู่ในรูปแบบ .XPT ดั้งเดิม และเข้าถึงได้ผ่านตัวแปร DEMO_file, MCQ_file และ BMX_file จากนั้น join ทั้ง 3 ชุดข้อมูลโดยใช้ตัวแปร SEQN วิธีที่ดีคือใช้ Reduce() ซึ่งช่วยให้รวมข้อมูลได้อย่างมีประสิทธิภาพ
โค้ดสำหรับการ join ที่เตรียมไว้ให้มีขั้นตอนดังนี้:
- สร้าง list จากชุดข้อมูลทั้ง 3 ชุด (
nhanes_demo,nhanes_medical,nhanes_bodymeasures) - ใช้ฟังก์ชันที่กำหนดเองภายใน
Reduce()เพื่อ inner join ชุดข้อมูลทั้ง 3 ด้วยตัวแปร"SEQN" - บันทึกผลลัพธ์เป็นชุดข้อมูล
nhanes_combined
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การออกแบบการทดลองใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
- โหลดแพ็กเกจ
haven - นำเข้าไฟล์ข้อมูลทั้ง 3 ไฟล์โดยเรียก
read_xpt()แยกกัน โดยใช้DEMO_file,MCQ_fileและBMX_fileเป็นอินพุต แล้วบันทึกเป็นชุดข้อมูลชื่อnhanes_demo,nhanes_medicalและnhanes_bodymeasuresตามลำดับ - สร้าง
nhanes_combinedโดยรวม 3 ชุดข้อมูลที่เพิ่งนำเข้า โดยใช้โค้ดที่เตรียมไว้ให้
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load haven
___
# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)