Kom igångKom igång gratis

Beräkna tillväxttakten

För att beräkna tillväxttakten kan du utföra en linjär regression av logaritmen av den totala bakterieytan mot tid. Beräkna tillväxttakten och ta fram ett 95%-konfidensintervall med parvisa bootstrap. Tidpunkterna, i enheten timmar, är lagrade i numpy-arrayen t, och bakterieytan, i enheten kvadratmikrometer, är lagrad i bac_area.

Den här övningen är en del av kursen

Fallstudier i statistiskt tänkande

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Beräkna logaritmen av bakterieytan (bac_area) med np.log() och lagra resultatet i variabeln log_bac_area.
  • Beräkna lutningen och interceptet för den semilogaritmiska tillväxtkurvan med np.polyfit(). Lagra lutningen i variabeln growth_rate och interceptet i log_a0.
  • Dra 10 000 parvisa bootstrap-replikat av tillväxttakten och den logaritmerade startytan med dcst.draw_bs_pairs_linreg(). Lagra resultaten i growth_rate_bs_reps och log_a0_bs_reps.
  • Använd np.percentile() för att beräkna 95%-konfidensintervallet för tillväxttakten (growth_rate_bs_reps).
  • Skriv ut tillväxttakten och konfidensintervallet. Det är redan klart för dig – klicka på Skicka in svar för att se resultaten!

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Compute logarithm of the bacterial area: log_bac_area
log_bac_area = ____

# Compute the slope and intercept: growth_rate, log_a0
____, ____ = ____

# Draw 10,000 pairs bootstrap replicates: growth_rate_bs_reps, log_a0_bs_reps
____, ____ = ____(
    ____, ____, size=____
)
    
# Compute confidence intervals: growth_rate_conf_int
growth_rate_conf_int = ____

# Print the result to the screen
print("""
Growth rate: {0:.4f} 1/hour
95% conf int: [{1:.4f}, {2:.4f}] 1/hour
""".format(growth_rate, *growth_rate_conf_int))
Redigera och kör kod