Сегментация сердца
В этой главе мы будем работать с данными магнитно-резонансной (МР) томографии из Sunnybrook Cardiac Dataset. Полное изображение представляет собой трёхмерный временной ряд, охватывающий один сердечный удар. Радиологи используют эти данные для измерения фракции выброса — доли крови, выталкиваемой из левого желудочка при каждом сокращении.
Для начала выделите левый желудочек на одном срезе объёма (im). Сначала отфильтруйте изображение и создайте маску, а затем пометьте каждый объект с помощью ndi.label().
В упражнениях этой главы используются следующие импорты:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Это упражнение является частью курса
Анализ биомедицинских изображений на Python
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)