Wyjaśniona wariancja
Drugi popularny typ wykresu używany do interpretacji modeli PCA to wykres osypiska (scree plot). Pokazuje on, jak rośnie wyjaśniona wariancja wraz z kolejnymi głównymi składowymi. Często przedstawia się też skumulowaną wyjaśnioną wariancję.
W tym i następnym ćwiczeniu przygotujesz dane z modelu pr.out, który utworzyłeś na początku rozdziału, do narysowania wykresu osypiska. Przygotowanie danych jest konieczne, ponieważ R nie ma wbudowanej funkcji do tworzenia tego typu wykresu.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Uczenie nienadzorowane w R
Instrukcje do ćwiczenia
pr.out oraz dane pokemon są nadal dostępne w twoim środowisku pracy.
- Przypisz do zmiennej
pr.varkwadrat odchyleń standardowych głównych składowych (czyli wariancję). Odchylenia standardowe głównych składowych są dostępne w składowejsdevobiektu modelu PCA. - Przypisz do zmiennej
pveproporcję wyjaśnionej wariancji, obliczoną przez podzieleniepr.varprzez łączną wariancję wyjaśnioną przez wszystkie główne składowe.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Variability of each principal component: pr.var
pr.var <- ___
# Variance explained by each principal component: pve
pve <- ___ / ___