Szacowanie krzywej przeżycia za pomocą survreg()
Możemy teraz oszacować przeżycie pacjentek z rakiem piersi na podstawie danych GBSG2, korzystając z modelu Weibulla.
Rozkład Weibulla ma dwa parametry, które określają kształt krzywej przeżycia.
W tym ćwiczeniu pakiet survival oraz dane GBSG2 są już wczytane.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza przeżycia w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Dopasuj model Weibulla dla pacjentek z rakiem piersi.
- Oblicz szacowaną krzywą przeżycia na podstawie modelu, używając funkcji
predict()z argumentemtype = "quantile". - Utwórz
data.framezawierający punkty czasowe oraz odpowiadające im prawdopodobieństwa przeżycia. - Sprawdź pierwsze kilka wierszy wyniku, używając funkcji
head().
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Weibull model
wb <- ___(___(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Retrieve survival curve from model probabilities
surv <- seq(.99, .01, by = -.01)
# Get time for each probability
t <- predict(___, type = ___, p = ___, newdata = data.frame(1))
# Create data frame with the information
surv_wb <- data.frame(time = ___, surv = ___)
# Look at first few lines of the result
head(___)