Wizualizacja ważnych wierzchołków i krawędzi

W zbiorze danych o odrze mamy trzy osoby, o których nie wiadomo, kto je zaraził. Jedna z nich (wierzchołek 184) jest prawdopodobnie odpowiedzialna za rozprzestrzenienie choroby na wiele innych osób – mimo że bezpośrednio zaraziła stosunkowo niewiele. Ponieważ wierzchołek 184 nie ma żadnej przychodzącej krawędzi, jego centralność pośrednictwa wydaje się niska. Jednym ze sposobów zbadania znaczenia tego wierzchołka jest wizualizacja odległości geodezyjnych połączeń wychodzących od tej osoby. W tym ćwiczeniu stworzysz wykres tych odległości od pacjenta zero.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza sieci w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Użyj funkcji make_ego_graph(), aby utworzyć podzbiór sieci złożony z wierzchołków połączonych z wierzchołkiem 184. Pierwszym argumentem jest oryginalny graf g. Drugi argument to maksymalna liczba połączeń, jaką dany wierzchołek musi mieć, żeby zostać uwzględnionym. Możesz tu użyć funkcji diameter(), która zwraca długość najdłuższej ścieżki w sieci. Trzeci argument to interesujący nas wierzchołek – w tym przypadku 184. Ostatni argument określa tryb – uwzględnij wszystkie połączenia niezależnie od kierunku.
Utwórz obiekt dists zawierający odległość geodezyjną każdego wierzchołka od wierzchołka 184. Do obliczenia użyj funkcji distances().
Przypisz każdemu wierzchołkowi atrybut color. Kolor będzie dobierany na podstawie odległości geodezyjnej. Paleta colors ma długość równą maksymalnej odległości geodezyjnej plus jeden – dzięki temu wierzchołki o tej samej odległości mają ten sam kolor, a pacjent zero otrzymuje własny kolor.
Użyj funkcji plot(), aby zwizualizować sieć g184. Jako etykiety wierzchołków użyj odległości geodezyjnych dists.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Make an ego graph
g184 <- ___(g, ___(g), nodes = '184', mode = c("all"))[[1]]

# Get a vector of geodesic distances of all vertices from vertex 184 
dists <- ___(g184, "184")

# Create a color palette of length equal to the maximal geodesic distance plus one.
colors <- c("black", "red", "orange", "blue", "dodgerblue", "cyan")

# Set color attribute to vertices of network g184.
V(___)$color <- colors[dists+1]

# Visualize the network based on geodesic distance from vertex 184 (patient zero).
___(___, 
     vertex.label = ___, 
     vertex.label.color = "white",
     vertex.label.cex = .6,
     edge.color = 'black',
     vertex.size = 7,
     edge.arrow.size = .05,
     main = "Geodesic Distances from Patient Zero"
     )

Edytuj i uruchom kod