Wizualizacja największych klik
Podczas wizualizacji sieci często trzeba wyodrębnić jej fragment, aby dokładniej przyjrzeć się połączeniom między wybranymi wierzchołkami. W tym ćwiczeniu stworzysz wizualizację największych klik w sieci Forresta Gumpa. W poprzednim ćwiczeniu ustaliłeś/ustaliłaś, że istnieją dwie kliki o rozmiarze 9. Wykreślisz je obok siebie po utworzeniu dwóch nowych obiektów igraph, wyodrębniając te kliki z głównej sieci. Funkcja subgraph() pozwala wybrać, które wierzchołki mają zostać uwzględnione w nowym obiekcie sieci.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza sieci w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Przypisz listę największych klik w sieci do obiektu
lc. - Utwórz dwa nowe nieskierowane podgrafy za pomocą funkcji
subgraph(). Pierwszy,gs1, powinien zawierać wyłącznie wierzchołki należące do pierwszej największej kliki. Drugi,gs2, powinien zawierać wyłącznie wierzchołki należące do drugiej największej kliki. Funkcja jest opakowana was.undirected(), aby mieć pewność, że podgraf również jest nieskierowany. - Zwizualizuj dwie największe kliki obok siebie za pomocą
plot(). Najpierw uruchom kod:par(mfrow=c(1,2)). Dzięki temu obie wizualizacje pojawią się obok siebie. Upewnij się, że układ jest ustawiony nalayout.circle(), co ułatwi odczytanie wykresu.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
library(igraph)
# Assign largest cliques output to object 'lc'
lc <- ___(g)
# Create two new undirected subgraphs, each containing only the vertices of each largest clique.
gs1 <- as.undirected(___(g, ___[[1]]))
gs2 <- as.undirected(___(g, ___[[2]]))
# Plot the two largest cliques side-by-side
par(mfrow=c(1,2)) # To plot two plots side-by-side
___(gs1,
vertex.label.color = "black",
vertex.label.cex = 0.9,
vertex.size = 0,
edge.color = 'gray28',
main = "Largest Clique 1",
layout = ___(gs1)
)
___(gs2,
vertex.label.color = "black",
vertex.label.cex = 0.9,
vertex.size = 0,
edge.color = 'gray28',
main = "Largest Clique 2",
layout = ___(gs2)
)