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ケースデータの階層的クラスタリング

この演習の目的は、観測データに対して階層的クラスタリングを行うことです。第2章で学んだように、この種のクラスタリングでは、データに存在する自然なグループの数をあらかじめ仮定しません。

階層的クラスタリングの準備として、まずすべての観測ペア間の距離を計算します。さらに、クラスタを結合する方法にはいくつかの種類があり、single(単一連結法)、complete(完全連結法)、average(平均連結法)が最も一般的な連結方法です。

この演習はコースの一部です

R による教師なし学習

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演習の手順

これまでに作成した wisc.data、diagnosis、wisc.pr、pve という変数は、ワークスペースで利用できます。

  • wisc.data のデータをスケーリングし、結果を data.scaled に割り当てます。
  • スケーリングした新しいデータセットで、すべての観測ペア間の(ユークリッド)距離を計算し、結果を data.dist に割り当てます。
  • 完全連結法を使って階層的クラスタリングモデルを作成します。hclust() の method 引数を手動で指定し、結果を wisc.hclust に割り当てます。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Scale the wisc.data data: data.scaled


# Calculate the (Euclidean) distances: data.dist


# Create a hierarchical clustering model: wisc.hclust
コードを編集して実行