分散説明率を可視化する
ここでは、各主成分が説明する分散の割合と、その累積割合を示すスクリープロットを作成します。
動画で説明した通り、これらのプロットは保持すべき主成分の数を決定する際に役立ちます。保持する主成分数を決める1つの方法は、スクリープロットの「肘(エルボー)」を探すことです。これは、主成分数が増えるにつれて分散説明率の増加ペースが大きく鈍化する箇所を示します。明確な肘が見られない場合は、スクリープロットをしきい値設定の目安として使うことができます。
この演習はコースの一部です
R による教師なし学習
演習の手順
分散説明率は、前の演習で作成した pve オブジェクトに引き続き格納されています。
plot()を使って、各主成分が説明する分散の割合をプロットします。plot()とcumsum()(累積和)を使って、主成分数に対する分散説明率の累積割合をプロットします。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Plot variance explained for each principal component
plot(___, xlab = "Principal Component",
ylab = "Proportion of Variance Explained",
ylim = c(0, 1), type = "b")
# Plot cumulative proportion of variance explained
plot(___, xlab = "Principal Component",
ylab = "Cumulative Proportion of Variance Explained",
ylim = c(0, 1), type = "b")