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La profondeur du bec est-elle héréditaire chez G. scandens ?

L’héritabilité de la profondeur du bec chez G. scandens semble faible. Il se peut que cette héritabilité observée soit due au hasard et que la profondeur du bec ne soit en réalité pas vraiment héréditaire chez cette espèce. Vous allez tester cette hypothèse ici. Pour cela, vous allez effectuer un test de permutation par paires.

Cet exercice fait partie du cours

Réflexion statistique en Python (Partie 2)

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Instructions

  • Initialisez votre tableau de réplicats d’héritabilité. Nous allons prendre 10 000 réplicats de permutation par paires.
  • Écrivez une boucle for pour générer vos réplicats.
    • Permutez le tableau bd_parent_scandens à l’aide de np.random.permutation().
    • Calculez l’héritabilité entre le tableau permuté et le tableau bd_offspring_scandens en utilisant la fonction heritability() que vous avez écrite dans le dernier exercice. Stockez le résultat dans le tableau de réplicats.
  • Calculez la p-valeur comme le nombre de réplicats qui sont supérieurs à la valeur observée heritability_scandens que vous avez calculée dans le dernier exercice.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Initialize array of replicates: perm_replicates
perm_replicates = ____

# Draw replicates
for i in range(10000):
    # Permute parent beak depths
    bd_parent_permuted = ____
    perm_replicates[i] = ____


# Compute p-value: p
p = np.sum(____ >= ____) / len(____)

# Print the p-value
print('p-val =', p)
Modifier et exécuter le code