La structure des fichiers .mat en Python

Ici, vous allez découvrir ce que contient le dictionnaire MATLAB que vous avez chargé à l'exercice précédent.

Le fichier 'albeck_gene_expression.mat' est déjà chargé dans la variable mat. Les bibliothèques suivantes ont déjà été importées comme suit :

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Encore une fois, ce fichier contient des données d'expression génique du laboratoire Albeck à l'UCDavis.

Cette activité fait partie du cours

Introduction à l'importation de données en Python

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Instructions de l’exercice

Utilisez la méthode .keys() sur le dictionnaire mat pour afficher ses clés. La plupart de ces clés (en fait, celles qui ne commencent et ne se terminent PAS par '__') sont des variables de l'environnement MATLAB correspondant.
Affichez le type de la valeur correspondant à la clé 'CYratioCyt' dans mat. Rappelez-vous que mat['CYratioCyt'] donne accès à la valeur.
Affichez la forme (shape) de la valeur correspondant à la clé 'CYratioCyt' à l'aide de la fonction numpy shape().
Exécutez le script au complet pour voir des données d'expression génique oscillatoires !

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Modifier et exécuter le code