แบ่งส่วนหัวใจ
ในบทนี้ เราจะทำงานกับข้อมูลภาพ Magnetic Resonance (MR) จาก Sunnybrook Cardiac Dataset ภาพทั้งหมดเป็น time series แบบ 3D ที่ครอบคลุมการเต้นของหัวใจหนึ่งครั้ง รังสีแพทย์ใช้ข้อมูลเหล่านี้เพื่อวัด ejection fraction ซึ่งเป็นสัดส่วนของเลือดที่ถูกสูบออกจากโพรงหัวใจซ้ายในแต่ละครั้งที่หัวใจบีบตัว
เริ่มต้นด้วยการแบ่งส่วน (segment) โพรงหัวใจซ้ายจากภาพตัดขวางเพียงชั้นเดียวของ volume (im) โดยจะกรองและสร้าง mask ให้กับภาพก่อน จากนั้นจึงระบุป้ายกำกับแต่ละวัตถุด้วย ndi.label()
แบบฝึกหัดในบทนี้ใช้ import ดังนี้:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การวิเคราะห์ภาพทางชีวการแพทย์ด้วย Python
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)