Structura fișierelor .mat în Python

În acest exercițiu, vei explora conținutul dicționarului MATLAB încărcat în exercițiul anterior.

Fișierul 'albeck_gene_expression.mat' este deja încărcat în variabila mat. Următoarele biblioteci au fost deja importate astfel:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Ca și înainte, acest fișier conține date privind expresia genică din laboratorul Albeck de la UCDavis.

Acest exercițiu face parte din cursul

Introducere în importul datelor în Python

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Folosește metoda .keys() pe dicționarul mat pentru a afișa cheile. Majoritatea acestor chei (mai exact cele care NU încep și se termină cu '__') reprezintă variabile din mediul MATLAB corespunzător.
Afișează tipul valorii asociate cheii 'CYratioCyt' din mat. Reține că mat['CYratioCyt'] permite accesarea acestei valori.
Afișează forma (shape) valorii asociate cheii 'CYratioCyt' folosind funcția shape() din numpy.
Execută întregul script pentru a vizualiza datele de expresie genică oscilantă!

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Editează și rulează codul