De overlevingscurve berekenen met een Cox-model
In deze oefening reproduceren we het voorbeeld uit de video met de volgende stappen:
- Cox-model berekenen
- "Fictieve patiënten" bepalen
- Overlevingscurves berekenen
data.framemaken met informatie over de overlevingscurve- Plotten
We focussen nu op de eerste drie stappen in deze oefening en doen de volgende twee stappen in de komende oefening.
De pakketten survival en survminer en de gegevens GBSG2 zijn alvast voor je geladen in deze oefening.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Survivalanalyse in R
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Cox model
cxmod <- ___(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)
# Imaginary patients
newdat <- expand.grid(
horTh = levels(GBSG2$___),
tsize = quantile(GBSG2$___, probs = c(0.25, 0.5, 0.75)))
___(newdat) <- letters[1:6]
# Inspect newdat
newdat