De overlevingscurve berekenen met een Cox-model

In deze oefening reproduceren we het voorbeeld uit de video met de volgende stappen:

Cox-model berekenen
"Fictieve patiënten" bepalen
Overlevingscurves berekenen
data.frame maken met informatie over de overlevingscurve
Plotten

We focussen nu op de eerste drie stappen in deze oefening en doen de volgende twee stappen in de komende oefening.

De pakketten survival en survminer en de gegevens GBSG2 zijn alvast voor je geladen in deze oefening.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Survivalanalyse in R

Cursus bekijken

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Cox model
cxmod <- ___(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)

# Imaginary patients
newdat <- expand.grid(
  horTh = levels(GBSG2$___),
  tsize = quantile(GBSG2$___, probs = c(0.25, 0.5, 0.75)))
___(newdat) <- letters[1:6]

# Inspect newdat
newdat

Code bewerken en uitvoeren