Een overlevingscurve schatten en visualiseren
Laten we eens kijken naar de overleving van borstkankerpatiënten.
In deze oefening werken we weer met de GBSG2-gegevensset.
De pakketten survival en survminer en de gegevens GBSG2 zijn alvast voor je ingeladen in deze oefening.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Survivalanalyse in R
Oefeninstructies
- Schat een overlevingsfunctie voor de borstkankerpatiënten.
- Visualiseer de geschatte overlevingsfunctie met de functie
ggsurvplot(). - Voeg een risicotabel toe aan de plot die het aantal patiënten onder observatie laat zien. Dit kan met het argument
risk.table. - Voeg een lijn toe die de mediane overlevingstijd aangeeft. Dit kan met het argument
surv.median.line.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Kaplan-Meier estimate
km <- survfit(Surv(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Plot of the Kaplan-Meier estimate
ggsurvplot(___)
# Add the risk table to plot
ggsurvplot(___, ___ = TRUE)
# Add a line showing the median survival time
ggsurvplot(___, ___ = TRUE, ___ = "hv")