Aan de slagGa gratis aan de slag

Visualiseer grootste cliques

Bij netwerkvisualisaties moet je vaak een deel van een netwerk isoleren om de onderlinge verbindingen van specifieke knopen te bekijken. Hier maak je een visualisatie van de grootste cliques in het Forrest Gump-netwerk. In de vorige oefening heb je bepaald dat er twee cliques van grootte 9 zijn. Je plot deze naast elkaar nadat je twee nieuwe igraph-objecten hebt gemaakt door deze cliques uit het hoofdnetwerk te filteren. Met de functie subgraph() kun je kiezen welke knopen je in een nieuw netwerkobject behoudt.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Netwerkanalyse in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

  • Ken de lijst met de grootste cliques in het netwerk toe aan het object lc.
  • Maak twee nieuwe ongerichte subgraphs met de functie subgraph(). De eerste, gs1, mag alleen de knopen uit de eerste grootste clique bevatten. De tweede, gs2, mag alleen de knopen uit de tweede grootste clique bevatten. Deze functie is verpakt in as.undirected() om te zorgen dat de subgraph ook ongericht is.
  • Visualiseer de twee grootste cliques naast elkaar met plot(). Voer eerst de code uit: par(mfrow=c(1,2)). Dit zorgt ervoor dat de twee visualisaties naast elkaar komen te staan. Zorg dat de layout is ingesteld op layout.circle() zodat de visualisatie makkelijker te bekijken is.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

library(igraph)

# Assign largest cliques output to object 'lc'
lc <- ___(g)

# Create two new undirected subgraphs, each containing only the vertices of each largest clique.
gs1 <- as.undirected(___(g, ___[[1]]))
gs2 <- as.undirected(___(g, ___[[2]]))


# Plot the two largest cliques side-by-side

par(mfrow=c(1,2)) # To plot two plots side-by-side

___(gs1,
     vertex.label.color = "black", 
     vertex.label.cex = 0.9,
     vertex.size = 0,
     edge.color = 'gray28',
     main = "Largest Clique 1",
     layout = ___(gs1)
)

___(gs2,
     vertex.label.color = "black", 
     vertex.label.cex = 0.9,
     vertex.size = 0,
     edge.color = 'gray28',
     main = "Largest Clique 2",
     layout = ___(gs2)
)
Code bewerken en uitvoeren