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  3. Python을 활용한 생의학 영상 분석
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연습 문제

심장 분할하기

이 장에서는 자기 공명(MR) 영상 데이터를 Sunnybrook Cardiac Dataset에서 가져와 다룹니다. 전체 이미지는 한 번의 심장박동을 아우르는 3D 시계열입니다. 이 데이터는 방사선과에서 좌심실이 한 번 수축할 때 배출되는 혈액의 비율인 박출률(ejection fraction)을 측정하는 데 사용돼요.

먼저, 볼륨(im)의 단일 슬라이스에서 좌심실을 분할해 보겠습니다. 먼저 이미지를 필터링하고 마스크를 만든 다음, ndi.label()로 각 객체에 라벨을 지정할 거예요.

이 장의 연습 문제에서는 다음과 같이 임포트합니다:

import imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt

지침 1/2

undefined XP
    1
    2
  • im에 중앙값 필터를 적용하세요. size는 3으로 설정합니다.
  • 값이 60보다 큰 위치로 마스크를 만든 다음, 작은 구멍을 메우기 위해 ndi.binary_closing()을 사용하세요.
  • ndi.label()을 사용해 라벨 배열과 라벨 개수를 추출하세요.