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महत्वपूर्ण nodes और edges का विज़ुअलाइज़ेशन

Measles डेटासेट की एक समस्या यह है कि तीन व्यक्तियों के बारे में यह जानकारी नहीं है कि उन्हें किसने संक्रमित किया। इनमें से एक व्यक्ति (vertex 184) ने सीधे बहुत कम लोगों को संक्रमित किया, फिर भी अंततः वही कई अन्य व्यक्तियों तक बीमारी फैलने के लिए ज़िम्मेदार दिखता है। लेकिन, क्योंकि network में vertex 184 के पास कोई incoming edge नहीं है, इसलिए इसकी betweenness कम नज़र आती है। इस vertex के महत्व को जाँचने का एक तरीका है इस व्यक्ति से बाहर जाने वाली connections की geodesic distances को विज़ुअलाइज़ करना। इस अभ्यास में आप patient zero से इन distances का plot बनाएँगे।

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में नेटवर्क विश्लेषण

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अभ्यास निर्देश

  • make_ego_graph() का उपयोग करके हमारे network का वह subset बनाएँ जिसमें वे vertices हों जो vertex 184 से connected हैं। पहला argument मूल graph g है। दूसरा argument अधिकतम connections की संख्या है जो किसी भी vertex को हमारे रुचि वाले vertex से connected होने के लिए चाहिए। इस मामले में network में सबसे लंबे path की लंबाई पाने के लिए हम diameter() का उपयोग कर सकते हैं। तीसरा argument हमारा रुचि वाला vertex है, जो 184 होना चाहिए। अंतिम argument mode है। इस instance में आप दिशा की परवाह किए बिना सभी connections शामिल कर सकते हैं.
  • एक object dists बनाएँ जिसमें हर vertex की geodesic distance, vertex 184 से, हो। इसे निकालने के लिए distances() फंक्शन का उपयोग करें.
  • हर vertex को color attribute असाइन करें। हर रंग उसकी geodesic distance के आधार पर चुना जाएगा। Color palette colors की length अधिकतम geodesic distance प्लस one के बराबर है। इससे समान distance वाले vertices एक ही रंग में plot होते हैं और patient zero का अपना अलग रंग होता है.
  • Network g184 को विज़ुअलाइज़ करने के लिए plot() का उपयोग करें। Vertex label के रूप में geodesic distances dists रखने चाहिए।

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Make an ego graph
g184 <- ___(g, ___(g), nodes = '184', mode = c("all"))[[1]]

# Get a vector of geodesic distances of all vertices from vertex 184 
dists <- ___(g184, "184")

# Create a color palette of length equal to the maximal geodesic distance plus one.
colors <- c("black", "red", "orange", "blue", "dodgerblue", "cyan")

# Set color attribute to vertices of network g184.
V(___)$color <- colors[dists+1]

# Visualize the network based on geodesic distance from vertex 184 (patient zero).
___(___, 
     vertex.label = ___, 
     vertex.label.color = "white",
     vertex.label.cex = .6,
     edge.color = 'black',
     vertex.size = 7,
     edge.arrow.size = .05,
     main = "Geodesic Distances from Patient Zero"
     )
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