Visualiser la variance expliquée
Vous allez maintenant créer un diagramme des éboulis (scree plot) montrant la proportion de la variance expliquée par chaque composante principale, ainsi que la proportion cumulative de variance expliquée.
Rappelez‑vous, d'après la vidéo, que ces graphiques peuvent aider à déterminer le nombre de composantes principales à conserver. Une façon de le faire est de repérer un coude dans le diagramme des éboulis indiquant qu'à mesure que le nombre de composantes principales augmente, le taux auquel la variance est expliquée diminue sensiblement. En l'absence d'un coude clair, vous pouvez utiliser le diagramme des éboulis comme guide pour établir un seuil.
Cette activité fait partie du cours
Apprentissage non supervisé en R
Instructions de l’exercice
La proportion de variance expliquée est toujours disponible dans l'objet pve que vous avez créé au dernier exercice.
- Utilisez
plot()pour tracer la proportion de variance expliquée par chaque composante principale. - Utilisez
plot()etcumsum()(somme cumulative) pour tracer la proportion cumulative de variance expliquée en fonction du nombre de composantes principales.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Plot variance explained for each principal component
plot(___, xlab = "Principal Component",
ylab = "Proportion of Variance Explained",
ylim = c(0, 1), type = "b")
# Plot cumulative proportion of variance explained
plot(___, xlab = "Principal Component",
ylab = "Cumulative Proportion of Variance Explained",
ylim = c(0, 1), type = "b")