Évaluer l'assortativité à l'aide de randomisations

Dans cet exercice, vous allez déterminer la probabilité que l'assortativité observée dans le réseau d'amitié soit due aux genres des sommets en effectuant une procédure de randomisation. Vous permuterez aléatoirement le genre des sommets du réseau 1000 fois et recalculerez l'assortativité pour chacun de ces réseaux aléatoires.

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Analyse de réseaux avec R

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Instructions de l’exercice

Utilisez assortativity() pour calculer l'assortativité de l'objet graphe g1 en fonction du genre à l'aide de l'objet values calculé à l'exercice précédent, et affectez ce résultat à l'objet observed.assortativity.
À l'intérieur de la boucle for, calculez l'assortativité du réseau g1 avec assortativity() tout en permutant aléatoirement l'objet values chaque fois avec sample().
Tracez la distribution des valeurs d'assortativité issues de cette procédure de permutation avec hist() et ajoutez une ligne verticale rouge pour la valeur d'assortativité observée du réseau g1 d'origine, qui est stockée dans observed.assortativity.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Calculate the observed assortativity
observed.assortativity <- ___(g1, values)

# Calculate the assortativity of the network randomizing the gender attribute 1000 times
results <- vector('list', 1000)
for(i in 1:1000){
  results[[i]] <- ___(g1, sample(___))
}

# Plot the distribution of assortativity values and add a red vertical line at the original observed value
___(unlist(results))
abline(v = ___, col = "red", lty = 3, lwd=2)

Modifier et exécuter le code