Vysvětlený rozptyl
Druhým běžným typem grafu pro pochopení PCA modelů je scree plot. Scree plot zobrazuje vysvětlený rozptyl v závislosti na počtu hlavních komponent. Někdy se do něj zakresluje také kumulativní vysvětlený rozptyl.
V tomto a následujícím cvičení připravíš data z modelu pr.out, který jsi vytvořil/a na začátku kapitoly, pro použití ve scree plotu. Příprava dat je nutná, protože R nemá vestavěnou funkci pro vytvoření tohoto typu grafu.
Toto cvičení je součástí kurzu
Unsupervised Learning in R
Pokyny k cvičení
pr.out a data pokemon jsou stále dostupné v tvém pracovním prostředí.
- Do proměnné
pr.varulož druhou mocninu směrodatných odchylek hlavních komponent (tj. rozptyl). Směrodatná odchylka hlavních komponent je dostupná v komponentěsdevobjektu PCA modelu. - Do proměnné
pveulož podíl vysvětleného rozptylu, který vypočítáš vydělenímpr.varcelkovým rozptylem vysvětleným všemi hlavními komponentami.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Variability of each principal component: pr.var
pr.var <- ___
# Variance explained by each principal component: pve
pve <- ___ / ___