Segmentace srdce
V této kapitole budeme pracovat s daty z magnetické rezonance (MR) ze Sunnybrook Cardiac Dataset. Celý snímek je 3D časová série zachycující jeden srdeční cyklus. Radiologové tato data využívají k měření ejekční frakce: podílu krve vytlačené z levé komory při každém stahu.
Nejdříve provedeš segmentaci levé komory z jediného řezu objemu (im). Postup bude následující: nejprve obraz filtruj a maskuj, poté označ každý objekt pomocí ndi.label().
Cvičení v této kapitole používají následující importy:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Toto cvičení je součástí kurzu
Biomedical Image Analysis in Python
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)