Візуалізація важливих вершин і ребер

Одна проблема з набором даних щодо кору полягає в тому, що є троє осіб, для яких невідомо, хто їх інфікував. Одна з цих осіб (вершина 184) зрештою відповідальна за поширення хвороби на багатьох інших, хоча безпосередньо вона інфікувала не так багато людей. Проте, оскільки у вершини 184 немає вхідних ребер у мережі, її посередництво виглядає низьким. Один зі способів дослідити важливість цієї вершини — візуалізувати геодезичні відстані зв'язків, що виходять від цієї особи. У цій вправі ви створите графік цих відстаней від цього «нульового пацієнта».

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз мереж у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Використайте make_ego_graph(), щоб створити підграф нашої мережі з вершин, які з'єднані з вершиною 184. Перший аргумент — початковий граф g. Другий аргумент — максимальна кількість зв'язків, яка потрібна будь-якій вершині, щоб бути з'єднаною з нашою цільовою вершиною. У цьому разі можна використати diameter(), щоб повернути довжину найкоротшого найдовшого шляху в мережі. Третій аргумент — це наша цільова вершина, якою має бути 184. Останній аргумент — режим. У цьому випадку можна включити всі зв'язки незалежно від напрямку.
Створіть об'єкт dists, що містить геодезичну відстань кожної вершини від вершини 184. Скористайтеся для цього функцією distances().
Призначте атрибут color кожній вершині. Колір для вершини вибирається на основі її геодезичної відстані. Палітра colors має довжину, що дорівнює максимальній геодезичній відстані плюс один. Це потрібно, щоб вершини з однаковою відстанню відображалися одним кольором, а «нульовий пацієнт» також мав свій колір.
Використайте plot(), щоб візуалізувати мережу g184. Підписи вершин мають відображати геодезичні відстані dists.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Make an ego graph
g184 <- ___(g, ___(g), nodes = '184', mode = c("all"))[[1]]

# Get a vector of geodesic distances of all vertices from vertex 184 
dists <- ___(g184, "184")

# Create a color palette of length equal to the maximal geodesic distance plus one.
colors <- c("black", "red", "orange", "blue", "dodgerblue", "cyan")

# Set color attribute to vertices of network g184.
V(___)$color <- colors[dists+1]

# Visualize the network based on geodesic distance from vertex 184 (patient zero).
___(___, 
     vertex.label = ___, 
     vertex.label.color = "white",
     vertex.label.cex = .6,
     edge.color = 'black',
     vertex.size = 7,
     edge.arrow.size = .05,
     main = "Geodesic Distances from Patient Zero"
     )

Редагувати та запускати код