Сегментуйте серце
У цьому розділі ми працюватимемо з даними магнітно-резонансної (MR) томографії з Sunnybrook Cardiac Dataset. Повне зображення — це 3D-часовий ряд, що охоплює один серцевий цикл. Ці дані радіологи використовують, щоб вимірювати фракцію викиду: частку крові, яку лівий шлуночок виштовхує під час кожного скорочення.
Для початку сегментуйте лівий шлуночок на одному зрізі об'єму (im). Спершу ви відфільтруєте та замаскуєте зображення; потім позначите кожен об'єкт за допомогою ndi.label().
У вправах цього розділу використовуються такі імпорти:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Ця вправа є частиною курсу
Біомедична обробка зображень у Python
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)