Aan de slagGa gratis aan de slag

Opties voor R-codechunks

In de video heb je enkele opties voor R-codechunks leren kennen. R-codechunks kunnen ook een naam krijgen. Dat is handig in grote documenten, zeker als er een fout in een chunk zit. Tijdens het knitten van een document in RStudio kun je de fout dan makkelijker terugvinden. Sommige chunks in je rapport hebben al een naam, zodat je het idee erachter ziet. Chunkopties voeg je toe na de naam van de chunk en een komma, zo: {r name, option = value}

Waarschijnlijk de meest gebruikte chunkopties zijn die voor het regelen van de weergave van de output. Standaard wordt alle output in RMarkdown-documenten getoond, dus berichten, waarschuwingen en fouten. Door opties zoals echo = FALSE te specificeren, kun je bijvoorbeeld de weergave van de R-code zelf onderdrukken, terwijl de code nog steeds wordt uitgevoerd. Raadpleeg de video voor meer weergave-opties.

Vergeet niet je chunknaam en chunkopties met een komma te scheiden om te voorkomen dat je sessie crasht.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Communiceren met data in de Tidyverse

Cursus bekijken

Oefeninstructies

  • Onder regel 14 onderdruk je berichten in de eerste R-codechunk met de optie message, zodat de output die soms verschijnt bij het laden van packages niet wordt getoond.
  • Onder regel 64 voegt de chunk defining_a_theme een aangepaste plot toe aan je rapport, maar de code erachter is voor de lezers niet zo belangrijk.
    • Verberg alle code, maar laat R die wel uitvoeren (als je de chunkoptie niet meer weet, bekijk de video nog eens).

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

{"my_document.Rmd":"---\ntitle: \"The reduction in weekly working hours in Europe\" \nsubtitle: \"Looking at the development between 1996 and 2006\"\nauthor: \"Insert your name here\"\noutput: html_document\n---\n\n## Summary \n\nThe **International Labour Organization (ILO)** has many [data sets](http://www.ilo.org/global/statistics-and-databases/lang--en/index.htm) on working conditions. For example, one can look at how weekly working hours have been decreasing in many countries of the world, while monetary compensation has risen. In this report, *the reduction in weekly working hours* in European countries is analysed, and a comparison between 1996 and 2006 is made. All analysed countries have seen a decrease in weekly working hours since 1996 – some more than others.\n\n## Preparations \n\n```{r loading_packages}\nlibrary(dplyr)\nlibrary(ggplot2)\nlibrary(forcats)\n```\n\n## Analysis\n\n### Data\n\nThe herein used data can be found in the [statistics database of the ILO](http://www.ilo.org/ilostat/faces/wcnav_defaultSelection;ILOSTATCOOKIE=ZOm2Lqrr-OIuzxNGn2_08bNe9AmHQ1kUA6FydqyZJeIudFLb2Yz5!1845546174?_afrLoop=32158017365146&_afrWindowMode=0&_afrWindowId=null#!%40%40%3F_afrWindowId%3Dnull%26_afrLoop%3D32158017365146%26_afrWindowMode%3D0%26_adf.ctrl-state%3D4cwaylvi8_4). For the purpose of this course, it has been slightly preprocessed.\n\n```{r loading_data}\nload(url(\"http://s3.amazonaws.com/assets.datacamp.com/production/course_5807/datasets/ilo_data.RData\"))\n```\n\n```{r generating_summary_statistics}\n# Some summary statistics\nilo_data %>%\n  group_by(year) %>%\n  summarize(mean_hourly_compensation = mean(hourly_compensation),\n            mean_working_hours = mean(working_hours))\n```\n\nAs can be seen from the above table, the average weekly working hours of European countries have been descreasing since 1980.\n\n### Preprocessing\n\nThe data is now filtered so it only contains the years 1996 and 2006 – a good time range for comparison. \n\n```{r}\nilo_data <- ilo_data %>%\n  filter(year == \"1996\" | year == \"2006\")\n  \n# Reorder country factor levels\nilo_data <- ilo_data %>%\n  # Arrange data frame first, so last is always 2006\n  arrange(year) %>%\n  # Use the fct_reorder function inside mutate to reorder countries by working hours in 2006\n  mutate(country = fct_reorder(country,\n                               working_hours,\n                               last))\n```  \n\n### Results\n\nIn the following, a plot that shows the reduction of weekly working hours from 1996 to 2006 in each country is produced.\n\nFirst, a custom theme is defined.\n\n```{r defining_a_theme}\n# Better to define your own function than to always type the same stuff\ntheme_ilo <- function(){\n  theme_minimal() +\n  theme(\n    text = element_text(family = \"Bookman\", color = \"gray25\"),\n    plot.subtitle = element_text(size = 12),\n    plot.caption = element_text(color = \"gray30\"),\n    plot.background = element_rect(fill = \"gray95\"),\n    plot.margin = unit(c(5, 10, 5, 10), units = \"mm\")\n  )\n}\n```  \n\nThen, the plot is produced. \n\n```{r}\n# Compute temporary data set for optimal label placement\nmedian_working_hours <- ilo_data %>%\n  group_by(country) %>%\n  summarize(median_working_hours_per_country = median(working_hours)) %>%\n  ungroup()\n\n# Have a look at the structure of this data set\nstr(median_working_hours)\n\n# Plot\nggplot(ilo_data) +\n  geom_path(aes(x = working_hours, y = country),\n            arrow = arrow(length = unit(1.5, \"mm\"), type = \"closed\")) +\n  # Add labels for values (both 1996 and 2006)\n  geom_text(\n        aes(x = working_hours,\n            y = country,\n            label = round(working_hours, 1),\n            hjust = ifelse(year == \"2006\", 1.4, -0.4)\n          ),\n        # Change the appearance of the text\n        size = 3,\n        family = \"Bookman\",\n        color = \"gray25\"\n   ) +\n  # Add labels for country\n  geom_text(data = median_working_hours,\n            aes(y = country,\n                x = median_working_hours_per_country,\n                label = country),\n            vjust = 2,\n            family = \"Bookman\",\n            color = \"gray25\") +\n  # Add titles\n  labs(\n    title = \"People work less in 2006 compared to 1996\",\n    subtitle = \"Working hours in European countries, development since 1996\",\n    caption = \"Data source: ILO, 2017\"\n  ) +\n  # Apply your theme \n  theme_ilo() +\n  # Remove axes and grids\n  theme(\n    axis.ticks = element_blank(),\n    axis.title = element_blank(),\n    axis.text = element_blank(),\n    panel.grid = element_blank(),\n    # Also, let's reduce the font size of the subtitle\n    plot.subtitle = element_text(size = 9)\n  ) +\n  # Reset coordinate system\n  coord_cartesian(xlim = c(25, 41))\n```\n\n\n"}
Code bewerken en uitvoeren