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演習

nxviz を使ったプロット

それでは、nxviz を使って circos プロットを作成する練習をしましょう！次の動画のプレビューとして、この演習では bipartite キーワードについても少し触れます。

ここでは、各ノードの次数中心性（degree centrality）スコアを、次のコードでノードのメタデータ辞書に追加済みです。

# 各ノードの次数中心性スコアをメタデータ辞書に追加
dcs = nx.degree_centrality(G)
for n in G.nodes():
    G.nodes[n]['centrality'] = dcs[n]

次数中心性を復習したい場合は、前のコースの該当動画をご確認ください。ノードの重要度を計算する方法です！

nxviz は nv、NetworkX は nx、matplotlib.pyplot は plt としてすでにインポートされています。

指示

100 XP
  • circos プロットでネットワーク G を可視化します。次を行ってください：
    • nv.circos() 関数を使って c という名前の circos プロットを作成します。ノードをキーワード bipartite で色分け・グループ化するために、graph、node_color_by、group_by の各キーワード引数を指定し、ノードを centrality で並べ替えるために sort_by を指定します。
    • 表示時にノードが見やすくなるよう、node_enc_kwargs={'radius': 10} 引数を含めてあります。
    • c を画面に描画します。