nxviz を使ったプロット
それでは、nxviz を使って circos プロットを作成する練習をしましょう！次の動画のプレビューとして、この演習では bipartite キーワードについても少し触れます。
ここでは、各ノードの次数中心性（degree centrality）スコアを、次のコードでノードのメタデータ辞書に追加済みです。
# 各ノードの次数中心性スコアをメタデータ辞書に追加
dcs = nx.degree_centrality(G)
for n in G.nodes():
G.nodes[n]['centrality'] = dcs[n]
次数中心性を復習したい場合は、前のコースの該当動画をご確認ください。ノードの重要度を計算する方法です！
nxviz は nv、NetworkX は nx、matplotlib.pyplot は plt としてすでにインポートされています。
この演習はコースの一部です
Python 中級ネットワーク解析
演習の手順
- circos プロットでネットワーク
Gを可視化します。次を行ってください：nv.circos()関数を使ってcという名前のcircosプロットを作成します。ノードをキーワードbipartiteで色分け・グループ化するために、graph、node_color_by、group_byの各キーワード引数を指定し、ノードをcentralityで並べ替えるためにsort_byを指定します。- 表示時にノードが見やすくなるよう、
node_enc_kwargs={'radius': 10}引数を含めてあります。 cを画面に描画します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create the CircosPlot object: c
c = nv._____(___, _____, _____, node_enc_kwargs={'radius': 10})
# Display the plot
____