Struktura souborů .mat v Pythonu

V tomto cvičení prozkoumáš obsah MATLAB slovníku, který jsi načetl/a v předchozím cvičení.

Soubor 'albeck_gene_expression.mat' je už načtený do proměnné mat. Následující knihovny jsou již importovány takto:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Tento soubor opět obsahuje data o genové expresi z laboratoře Albeck Lab na UC Davis.

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do importu dat v Pythonu

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Zavolej metodu .keys() na slovníku mat a vypiš jeho klíče. Většina z nich (konkrétně ty, které NEZAČÍNAJÍ a NEKONČÍ '__') jsou proměnné z odpovídajícího prostředí MATLAB.
Vypiš typ hodnoty odpovídající klíči 'CYratioCyt' ve slovníku mat. Připomeňme, že mat['CYratioCyt'] zpřístupní danou hodnotu.
Vypiš tvar hodnoty odpovídající klíči 'CYratioCyt' pomocí numpy funkce shape().
Spusť celý skript a podívej se na data oscilující genové exprese!

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Upravit a spustit kód