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解讀 PCA 結果

現在你要用一些視覺化圖形來更深入了解你的 PCA 模型。你在前一章已經看過其中一種視覺化:biplot。

你會遇到在真實世界資料上使用 biplot 時的常見挑戰,特別是當觀測值與變數的數量不小時。接著,你會看看一些替代的視覺化方法。在進入下一個練習前,鼓勵你多嘗試其他視覺化方式。

本練習屬於課程

R 的無監督式學習

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練習說明

你先前建立的變數 wisc.datadiagnosiswisc.pr 仍可使用。

  • wisc.pr 資料繪製 biplot。你對這張圖有什麼觀察?容易還是難以理解?為什麼?
  • 執行程式碼,使用第 1 與第 2 主成分繪製每個觀測值的散佈圖,並依診斷結果上色。
  • 以第 1 與第 3 主成分重複相同操作。你在這些圖中注意到什麼?

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create a biplot of wisc.pr


# Scatter plot observations by components 1 and 2
plot(wisc.pr$___[, c(1, 2)], col = (diagnosis + 1), 
     xlab = "PC1", ylab = "PC2")

# Repeat for components 1 and 3
plot(___, col = (diagnosis + 1), 
     xlab = "PC1", ylab = "PC3")

# Do additional data exploration of your choosing below (optional)
編輯並執行程式碼