解釋變異數
用來理解 PCA 模型的第二種常見圖形是「碎石圖」(scree plot)。碎石圖會在主成分數量增加時,顯示其所解釋的變異數。有時也會同時繪製累積解釋變異數。
在這個練習與下一個練習中,你會把本章開頭建立的 pr.out 模型整理成適合繪製碎石圖的資料。因為 R 沒有內建能直接產生這種圖的函式,所以在繪圖前必須先準備好資料。
本練習屬於課程
R 的無監督式學習
練習說明
pr.out 與 pokemon 資料仍可在你的工作區中使用。
- 將主成分的標準差平方(也就是變異數),指定給變數
pr.var。主成分的標準差可從 PCA 模型物件的sdev元件取得。 - 將「解釋變異數比例」指定給變數
pve,其計算方式為以所有主成分所解釋的總變異數來除以pr.var。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Variability of each principal component: pr.var
pr.var <- ___
# Variance explained by each principal component: pve
pve <- ___ / ___