.mat dosyalarının Python'daki yapısı

Burada, önceki egzersizde yüklediğin MATLAB sözlüğünde neler olduğunu keşfedeceksin.

'albeck_gene_expression.mat' dosyası zaten mat değişkenine yüklenmiş durumda. Aşağıdaki kütüphaneler de şu şekilde içe aktarılmıştır:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Bu dosya, yine UCDavis'teki Albeck Lab'den gen ifade verilerini içeriyor.

Bu egzersiz

Python'da Veri Aktarmaya Giriş

kursunun bir parçasıdır

Kursu Görüntüle

Egzersiz talimatları

mat sözlüğünde .keys() metodunu kullanarak anahtarları yazdır. Bu anahtarların çoğu (özellikle başında ve sonunda '__' OLMAYANLAR) ilgili MATLAB ortamındaki değişkenlerdir.
mat içindeki 'CYratioCyt' anahtarına karşılık gelen değerin tipini yazdır. mat['CYratioCyt'] ifadesinin değere eriştiğini unutma.
'CYratioCyt' anahtarına karşılık gelen değerin şeklini numpy fonksiyonu shape() ile yazdır.
Betiğin tamamını çalıştırarak salınımlı gen ifade verisini gör!

Uygulamalı interaktif egzersiz

Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Kodu Düzenle ve Çalıştır