เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

โครงสร้างของไฟล์ .mat ใน Python

ในแบบฝึกหัดนี้ เราจะมาดูกันว่า dictionary ของ MATLAB ที่โหลดไว้ในแบบฝึกหัดก่อนหน้านั้นมีอะไรอยู่บ้าง

ไฟล์ 'albeck_gene_expression.mat' ถูกโหลดไว้ในตัวแปร mat เรียบร้อยแล้ว และได้ import ไลบรารีต่อไปนี้ไว้แล้วเช่นกัน:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

ไฟล์นี้มีข้อมูลการแสดงออกของยีน (gene expression) จาก Albeck Lab ที่ UCDavis เช่นเดิม

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Python เบื้องต้น: การนำเข้าข้อมูล

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ใช้เมธอด .keys() กับ dictionary mat เพื่อพิมพ์ key ทั้งหมด key ส่วนใหญ่ (โดยเฉพาะที่ไม่ได้ขึ้นต้นและลงท้ายด้วย '__') คือตัวแปรจาก MATLAB environment ที่เกี่ยวข้อง
  • พิมพ์ชนิดข้อมูลของค่าที่ตรงกับ key 'CYratioCyt' ใน mat โดยใช้ mat['CYratioCyt'] เพื่อเข้าถึงค่าดังกล่าว
  • พิมพ์ shape ของค่าที่ตรงกับ key 'CYratioCyt' โดยใช้ฟังก์ชัน shape() ของ numpy
  • รันสคริปต์ทั้งหมดเพื่อดูข้อมูล gene expression แบบ oscillatory!

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()
แก้ไขและรันโค้ด